開祖内田金蔵は若少から信仰生活につとめ、大正１２年に天地自然(おやなるかみ）よりの命以を授かり開眼。
その命に従い天照大神様を主祭神に戴き、そしてさらに信者一人一人に御守護神様を賜った。賜った御守護神様を通じて敬神崇祖、博愛、心睦の綱に基づき、心睦教祝詞を神の詞とし、養徳琢磨人類愛の涵養を目指し、その布教に努めた。
昭和１１年に東京下谷に心睦教会を設立、同１５年に宗教結社として届出。
昭和２０年３月９日に東京大空襲のため焼失し、一時阿佐ヶ谷に疎開して、昭和２２年３月２７日東京都豊島区（旧心睦教団大本部）に内田金蔵(後に〇山に改称）を初代総裁として心睦教団を設立し発足した。
これにより心睦教団立教記念感謝奉告大祭は毎年３月２７日に執行されている。
昭和２６年の宗教法人法改正に伴い同２８年８月２４日、宗教法人「包括団体心睦教団大本部」として文部大臣の認証を得て再出発を果たした。
その後、心睦教の信者は心睦教団綱領を生活の基とし、心睦教祝詞を以て朝夕礼拝に勤しみ、御守護神と共に祈り、生活させて頂けることを通じ、神と祖先の御神徳・恩恵への感謝を、日々深めている。
令和3年3月に大塚にあった大本部道場を小山教会上宿道場内へと移築し、また心睦教団事務局を小山教会本部内に移転、併設している。
また心睦教団大本部道場にて毎月２７日には月例祭を、さらに１月、５月、９月を大祭月とし、その２７日には感謝大祭を執行している。
